U schyłku lat 70, a szczególnie po przełomie roku 1980, kierowany w owym okresie przez komendanta szczepu hm. Marka Podwysockiego Szczep coraz silniej włączał się w inicjatywy środowisk niezależnych, takich jak KIHAM (reprezentantami Pomarańczarni w KIHAM byli hm Stanisław Bańkowski i hm Marek Podwysocki), środowiska kombatanckie, niezależne porozumienia i struktury harcerskie, m.in. UNDHR. Począwszy od 1983, pomimo zakazów, na obozach organizowano polowe msze święte. Skutkiem ubocznym aktywności w środowiskach niezależnych było w pierwszym okresie stanu wojennego pogorszenie stosunków Pomarańczarni z dyrekcją Liceum Batorego, która w owym okresie zachowywała kurs jednoznacznie zbieżny z polityką rządzącej partii komunistycznej. Paradoksalnie, w okresie stanu wojennego szkoła, posiadająca nieformalne wpływy w we władzach partyjnych i organach bezpieczeństwa, utrzymywała swego rodzaju parasol ochronny nad Szczepem, i instruktorów Pomarańczarni za działania niezależne w zasadzie nie spotykały represje. Wobec siły i znaczenia Szczepu w owym okresie, częściowo wynikających z liczebności i jakości pracy, a częściowo z historii i tradycji „Pomarańczarni” wojennej, konflikty z dyrekcją Liceum Batorego nie miały jednak wielkich konsekwencji praktycznych. Na względną, ale bezsporną niezależność i samorządność Szczepu patrzyły przez palce także władze ZHP. Dla niezależności Szczepu w latach 70 i 80 nie bez znaczenia były również koneksje w aparacie władzy, wojsku i organach bezpieczeństwa ze strony rodziców części harcerzy.
W 1981 roku Szczep wziął udział w Jubileuszowym Zlocie 70 lecia ZHP.
Po wprowadzeniu stanu wojennego w grudniu 1981 harcerze 23 WDH uczestniczyli w Harcerskim Pogotowiu Zimowym, które, jakkolwiek pośrednio koncesjonowane przez władze wojskowe, grupowało drużyny związane z KIHAM i wywodzące się z nurtu niezależnego harcerstwa.
W latach 1983 i 1987 Pomarańczarnia wzięła udział w organizacji „Białej Służby” w czasie pielgrzymek do Polski Jana Pawła II, zaznaczając w ten sposób swoje uczestnictwo w niezależnym Ruchu Harcerskim. Szczep, kierowany w owym czasie przez hm. Piotra Kostro, odegrał jedną z wiodących ról szczególnie w czasie trzeciej pielgrzymki papieża do Polski w 1987. Pomarańczarnia blisko współpracowała wtedy z innymi niezależnymi środowiskami, m.in. z 16 WDH, 6 WDH, 80 WDH, 13 WDH i 324 WDHiZ „Hawrań”. Lata 80 to okres szczytowego rozwoju powojennej „Pomarańczarni”, będącej wtedy najsilniejszym środowiskiem Hufca ZHP Warszawa-Śródmieście. Szczep liczący około 200-250 harcerzy w 4 drużynach („Płomień”, „Binduga”, „Źródło” i „Orkan”) posiadał także liczne szczepowe komórki organizacyjne takie jak Zespół Historyczny, Izba Pamięci, kancelaria Szczepu, a także własny tabor pływający i motorowy. W 1982 roku Szczep rozpoczął użytkowanie własnej bazy turystycznej, „chaty na Sokołówce”, położonej w Górach Bystrzyckich koło Polanicy Zdroju. Lata 80 to okres rozkwitu organizowanego przez Szczep festiwalu piosenki „Morda”, który stał się wizytówką Pomarańczarni i Liceum Batorego. Od połowy lat 80 głównym organizatorem festiwalu i autorem jego ogólnopolskiego sukcesu był phm. Tomasz Kopeć. W drugiej połowie lat 80 staraniem pwd. Katarzyny Kwiatkowskiej podjęto wydawanie „Gniazda”. W 1987 utworzono piątą drużynę Szczepu, 23 WDH „Puszcza”, zrzeszającą pod kierownictwem drużynowej Joanny Herety dzieci „Nieprzetartego Szlaku”.
Do aktywnych instruktorów pierwszej połowy lat 80 należeli hm. Piotr Kostro, phm. Piotr Kabaj, pwd. Piotr Czołnik, pwd. Jarosław Czerniawski, phm. Tomasz Bieliński, pwd. Maciej Węgierek i pwd. Marek Świetlik, a w drugiej połowie lat 80 phm. Tomasz Kopeć, pwd. Marcin Czołnik, pwd. Monika Zapendowska, pwd. Grzegorz Mech, pwd. Sławomir Chmielewski i pwd. Robert Popadyniec.
Znaczna liczba harcerzy i instruktorów wzięła aktywny udział w akcji przed wyborami 4 czerwca 1989. W kwietniu 1989 samochodem 23 WDH tryumfalnie przewieziono do Huty Warszawa sztandar „Solidarności”, powracający do Huty po okresie ukrycia na plebanii żoliborskiego kościoła św. Stanisława Kostki.